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如何加速apply函數(shù)600倍的技巧

數(shù)據(jù)分析與開發(fā) ? 來源:kaggle競賽寶典 ? 作者:杰少 ? 2022-05-12 10:14 ? 次閱讀
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[ 引言 ] 雖然目前dask,cudf等包的出現(xiàn),使得我們的數(shù)據(jù)處理大大得到了加速,但是并不是每個人都有比較好的gpu,非常多的朋友仍然還在使用pandas工具包,但有時候真的很無奈,pandas的許多問題我們都需要使用apply函數(shù)來進(jìn)行處理,而apply函數(shù)是非常慢的,本文我們就介紹如何加速apply函數(shù)600倍的技巧。

實驗對比01Apply(Baseline) 我們以Apply為例,原始的Apply函數(shù)處理下面這個問題,需要18.4s的時間。
importpandasaspd
importnumpyasnp
df=pd.DataFrame(np.random.randint(0,11,size=(1000000,5)),columns=('a','b','c','d','e'))
deffunc(a,b,c,d,e):
ife==10:
returnc*d
elif(e=5):
returnc+d
elifereturna+b
%%time
df['new']=df.apply(lambdax:func(x['a'],x['b'],x['c'],x['d'],x['e']),axis=1)
CPUtimes:user17.9s,sys:301ms,total:18.2s
Walltime:18.4s

		
			02Swift加速
											因為處理是并行的,所以我們可以使用Swift進(jìn)行加速,在使用Swift之后,相同的操作在我的機(jī)器上可以提升到7.67s。
			
%%time
#!pipinstallswifter
importswifter
df['new']=df.swifter.apply(lambdax:func(x['a'],x['b'],x['c'],x['d'],x['e']),axis=1)
HBox(children=(HTML(value='DaskApply'),FloatProgress(value=0.0,max=16.0),HTML(value='')))

CPUtimes:user329ms,sys:240ms,total:569ms
Walltime:7.67s

		
			03向量化
											使用Pandas和Numpy的最快方法是將函數(shù)向量化。如果我們的操作是可以直接向量化的話,那么我們就盡可能的避免使用:
			
  • for循環(huán);
  • 列表處理;
  • apply等操作
在將上面的問題轉(zhuǎn)化為下面的處理之后,我們的時間縮短為:421 ms。
%%time
df['new']=df['c']*df['d']#defaultcasee==10
mask=df['e']'new']=df['c']+df['d']
mask=df['e']'new']=df['a']+df['b']
CPUtimes:user134ms,sys:149ms,total:283ms
Walltime:421ms

		
			04類別轉(zhuǎn)化+向量化
											我們先將上面的類別轉(zhuǎn)化為int16型,再進(jìn)行相同的向量化操作,發(fā)現(xiàn)時間縮短為:116 ms。
			
forcolin('a','b','c','d'):
df[col]=df[col].astype(np.int16)
%%time
df['new']=df['c']*df['d']#defaultcasee==10
mask=df['e']'new']=df['c']+df['d']
mask=df['e']'new']=df['a']+df['b']
CPUtimes:user71.3ms,sys:42.5ms,total:114ms
Walltime:116ms

		
			
											05轉(zhuǎn)化為values處理
											在能轉(zhuǎn)化為.values的地方盡可能轉(zhuǎn)化為.values,再進(jìn)行操作。 
			
  • 此處先轉(zhuǎn)化為.values等價于轉(zhuǎn)化為numpy,這樣我們的向量化操作會更加快捷。
于是,上面的操作時間又被縮短為:74.9ms。
%%time
df['new']=df['c'].values*df['d'].values#defaultcasee==10
mask=df['e'].values'new']=df['c']+df['d']
mask=df['e'].values'new']=df['a']+df['b']
CPUtimes:user64.5ms,sys:12.5ms,total:77ms
Walltime:74.9ms

		
			

		
			實驗匯總
						通過上面的一些小的技巧,我們將簡單的Apply函數(shù)加速了幾百倍,具體的:
			
  • Apply: 18.4 s
  • Apply + Swifter: 7.67 s
  • Pandas vectorizatoin: 421 ms
  • Pandas vectorization + data types: 116 ms
  • Pandas vectorization + values + data types: 74.9ms
參考文獻(xiàn):Do You Use Apply in Pandas? There is a 600x Faster Way

審核編輯 :李倩


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原文標(biāo)題:Pandas 中 Apply 函數(shù)加速百倍的技巧

文章出處:【微信號:DBDevs,微信公眾號:數(shù)據(jù)分析與開發(fā)】歡迎添加關(guān)注!文章轉(zhuǎn)載請注明出處。

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